Saki et Satoru, qui ont désormais 26 ans, mènent des vies bien rangées jusqu'à la nuit de la fête des Monstres. Durant l'événement, Kamisu 66, leur village d'origine, est pris d'assaut par des rats-monstres. Dans un Tokyo en ruine, Saki, son collègue Inui et Satoru cherchent une arme bactériologique.