Après avoir passé sa jeunesse en France, la jeune souveraine arrive sur le trône d'une Écosse divisée par les tensions politiques et religieuses propres à la seconde moitié du XVIe siècle. Mais son ennemie la plus redoutable se trouve de l'autre côté de la frontière : Élisabeth Ire d'Angleterre, dont l'obsession est de faire chuter Marie.