Fondée en 1996 par Sylvie Crossman et Jean-Pierre Barou, la maison d’édition Indigène, initialement installée à Montpellier, visait à donner de la visibilité aux savoirs des « peuples issus de cultures non industrielles ». Les débuts sont prometteurs, avec des catalogues d’expositions et des textes de sciences humaines se vendant autour de 1 500 exemplaires chacun. Le tournant majeur survient en 2010 avec la publication d’Indignez-vous ! de Stéphane Hessel, un texte de 32 pages vendu à trois euros. Tiré à 8 000 exemplaires pour sa sortie, le livre entre directement à la sixième place des meilleures ventes en essais dès la première semaine. En quatorze semaines, il dépasse le million d’exemplaires vendus, obligeant Indigène à réimprimer à plusieurs reprises, malgré des difficultés d’approvisionnement en papier. Le succès est tel que le catalogue d’Indigène bénéficie d’une visibilité nouvelle, les ventes de leurs titres ne descendant plus en dessous de 5 000 exemplaires. Le phénomène attire de nombreux manuscrits et marque un succès pour l’édition indépendante, d’autant plus remarquable que la maison est éloignée de Paris et dispose de moyens financiers modestes. Après ce pic, le couple éditeur décide de réduire la cadence : de huit titres publiés par an en 2011 et 2012, Indigène passe à quatre dès 2014. En 2022, la maison publie son dernier titre, la bande dessinée Indignez-vous ! La violente espérance de Stéphane Hessel, scénarisée par Frédéric Debomy et dessinée par Lorena Canottiere. Éprouvant de la fatigue face à la gestion de la maison et leurs enfants ne souhaitant pas reprendre l’activité, Sylvie Crossman et Jean-Pierre Barou cherchent à transmettre Indigène. En août 2025, Indigène devient une collection chez Rue de l’échiquier, à la suite d’un rapprochement facilité par Benoît Coutaz, président d’Harmonia Mundi. Thomas Bout, cofondateur de Rue de l’échiquier, acquiert cinq titres du fonds Indigène ainsi que la marque. La réédition d’Indignez-vous !, meilleure vente de la décennie 2010 selon Livres Hebdo, est programmée avec une nouvelle couverture colorée et une préface de Salomé Saqué. À ce jour, Indignez-vous ! s’est écoulé à plus de 2,5 millions d’exemplaires et a été traduit en 44 langues, selon les données GFK. La collection Indigène chez Rue de l’échiquier prévoit la réédition des cinq titres acquis, avec un regard contemporain, un appareil critique nouveau et une révision des textes si nécessaire, afin de créer des liens intergénérationnels. De nouvelles publications sont également prévues, à raison de deux à quatre titres par an. Les premiers titres annoncés sont Un orage de mots. La révolution iranienne « Femme, Vie, Liberté » dite par celles et ceux qui la font, de Chahla Chafiq, et Ceux du Lutetia. Des mots pour dire la Shoah, avec les propos de six rescapés recueillis par Jean-Patrick Razon. La collection adopte une maquette graphique colorée, avec des effets de peinture brossée pour symboliser mouvement, engagement et ouverture. Ce renouvellement graphique inspire également la collection « Diagonale » de Rue de l’échiquier. La transmission d’Indigène à Rue de l’échiquier s’accompagne de la direction de la collection par Sylvie Crossman et Jean-Pierre Barou, qui voient dans cette évolution une continuité de l’esprit et du message portés par Indigène, notamment celui de Stéphane Hessel appelant la jeunesse à « un devoir d’indignation ».