1993, Mogadiscio, Somalie. Dans le cadre d'une mission de maintien de la paix mandatée par les Nations Unies, un groupe de jeunes soldats d'élite est envoyé à Mogadiscio. Ils sont chargés d'enlever un chef de guerre afin de mettre fin au conflit qui mène le pays à la ruine. Cette mission de routine se transforme en véritable massacre lorsque les soldats américains sont surpris par les factions rebelles, opposées à cette présence étrangère sur leur territoire.

Les enfants de la famille Darling reçoivent une nuit la visite de Peter, un jeune garçon aux pouvoirs étonnants comme celui de voler par exemple. Il est là parce que son ombre s'est échappée et qu'il essaye de la retrouver. Wendy, l'aînée des trois enfants, se réveille et aide Peter à recoudre son ombre sur son pied. Et Peter propose alors aux trois enfants de s'envoler vers le Pays des Enfants Perdus, où il habite. C'est comme ça que Peter, Wendy et ses deux jeunes frères, aidés par la poudre de fée de Clochette, partent tous ensemble pour une extraordinaire aventure. Mais ce que Peter n'a pas dit, c'est qu'au Pays des Enfants Perdus, il y a aussi le Capitaine Crochet, qui les déteste tous et veut absolument les éliminer...