Derrière les portes d'un bâtiment gris de la banlieue de Tokyo se cache un étrange établissement qui rassemble dans ses murs les bibliothèques personnelles d'auteurs décédés. Tout le monde peut consulter ces ouvrages souvent rares et précieux, à condition de respecter les horaires, car cette bibliothèque n'ouvre que la nuit. Ce lieu hors du commun devient rapidement un havre de paix pour Otoha Higuchi, qui, après une expérience catastrophique en librairie, retrouve la joie de prendre soin de livres chéris par leurs précédents propriétaires. Et plus elle découvre les secrets et histoires contrariés de ses étranges collègues, plus elle se demande qui est le mystérieux propriétaire des lieux. Et si, en plus de protéger ces ouvrages orphelins, il n'offrait pas également à tous les passionnés de livres une nouvelle chance au moment où ils en ont le plus besoin ?