Inspiré de la pièce d'Eugène Ionesco, le film raconte l'émergence de l'intolérance et de la pensée totalitaire à travers une série d'épisodes quotidiens qui se déroulent en Israël dans un seul bâtiment, le Shikun. Dans ce groupe hybride de personnes d'origines et de langues différentes, certains se transforment en rhinocéros, mais d'autres résistent. Une métaphore ironique de la vie dans nos sociétés contemporaines.

Dès son plus jeune âge, Jan Mikolá?ek se passionne pour les plantes et leurs vertus médicinales. Il devient l'un des plus grands guérisseurs de son époque. Dans la tourmente de la guerre et des crises du XXe siècle, il consacre sa vie à soigner sans distinction les riches comme les pauvres, les Allemands nazis sous l'Occupation comme les fonctionnaires communistes d'après-guerre. Sa popularité finira par irriter les pouvoirs politiques. Accusé de charlatanisme, Mikolá?ek doit alors prouver le bien-fondé de sa science lors de son procès.