À la fin de la saison précédente, nos chasseurs de primes se retrouvent dispersés aux coins les plus reculés du J Star System. Dutch doit s'allier à son plus grand ennemi pour combattre le mal ultime, tandis que D'avin et John sont piégés dans un ascenseur avec Delle Seyah. Séparés et en mauvaise posture, pourront-ils vaincre leur véritable ennemi : la Maîtresse, manifestation incommensurable du mal ?

Le Japon est de nouveau en danger. Les Geishas pourtant si bien intégrées se rebellent et décident de reprendre le contrôle face à leurs maîtres! Dans cette lutte acharnée, Ninja, Samourais et autres Cyborgs joignent leurs forces pour lutter contre le nouveau fléau qui frappe la capitale nipponne !

Dans un futur proche, Tokyo est mise à feu et à sang par une horde de criminels mutants appelés les ingénieurs. Sadiques et ultra violents, ces assassins ont la capacité de se greffer des armes à la place des membres. A la tête de l'unité spéciale de la police chargée d'exterminer cette race, Ruka a juré vengeance depuis qu'ils ont assassiné son père. En proie au chaos et à la violence, Tokyo est une nouvelle fois submergée des torrents de haine et des flots de la vengeance pure !

La fin de la galaxie approche ! Dutch et ses alliés s'apprêtent à mener leur dernier combat contre leur terrible ennemi, la Maîtresse (The Lady). Mais avant de reprendre les armes contre son adversaire, Dutch sera tout d'abord confrontée au fait que tout ce qu'elle croyait être vrai n'est que mensonge...