A la fin de la saison 2 de My Hero Academia, Tomura Shigaraki a déterminé quelle serait sa prochaine cible : All Might, le Symbole de la Paix. Les super-vilains de tous horizons se rallient maintenant à sa cause. C'est dans ce contexte que l'Académie Yuei doit préparer ses futurs héros. Le camp d'été des secondes promet d'être costaud ! Le but : renforcer les Alters de chacun auprès d'une équipe de choc, spécialisée dans les sauvetages en montagne. Les Pussycats n'épargneront rien à Izuku Midoriya et ses amis pour les faire progresser au plus vite. Mais l'Académie Yuei se rend-elle vraiment compte des dangers qui guettent ses élèves ? Saura-t-elle les protéger des vilains qui rôdent dans l'ombre de ruelles obscures ? La réponse dans cette saison 3 de My Hero Academia !

Le monde des vilains vacille et menace de basculer dans une guerre totale maintenant qu'All Might est parti. Shigaraki, à la tête de l'Alliance des Super-vilains se prépare à affronter Overhaul, chef yakuza, pour prendre le contrôle total des ténèbres. Pendant ce temps-là, Deku est à nouveau empêtré dans un stage dangereux et se démène pour rester au niveau de Mirio, en terminale à Yuei.

La classe 1-A visite l'île de Nabu où ils peuvent enfin faire un vrai travail de héros. L'endroit est si paisible que cela ressemble plus à des vacances. jusqu'à ce qu'ils soient attaqués par un super-vilain avec un alter insondable ! Son pouvoir est étrangement familier, et il semble que Shigaraki ait joué un rôle dans son plan. Mais avec All Might à la retraite et la vie des citoyens en jeu, il n'y a pas de temps pour les questions. Deku et ses amis sont la prochaine génération de héros, et ils sont le seul espoir de l'île.

La carrière de footballeur de Yoichi Isagi, un lycéen, semble s'achever prématurément lorsque son équipe perd à la dernière minute le match de qualification pour le championnat national et que sa chance d'être découvert en tant que jeune talent s'envole. Mais lorsqu'il rentre chez lui après le match, une lettre l'attend : l'Association japonaise de football l'invite à un camp d'entraînement spécial ! Il devient rapidement évident que ce camp est en effet inhabituel, car tous les joueurs invités semblent être des attaquants. Un homme se présentant comme Jinpachi Ego apparaît sur scène et explique qu'il s'agit du projet BLUE LOCK, dont l'objectif est de créer au Japon un attaquant capable de se mesurer aux meilleurs du monde. Seul un participant sur 300 pourra s'imposer - celui qui sera éliminé sera exclu à vie du football professionnel...