Dans cette nouvelle saison, en France, la proclamation d'une République et la chute soudaine de Napoléon III sèment le trouble jusqu'à Vienne. En conséquence, François-Joseph impose à son fils Rodolphe de débuter sa formation à l'Académie militaire pour se préparer à son futur rôle de monarque, malgré l'opposition de Sissi. En même temps, face aux protestations des ouvriers sur l'imposant chantier de l'exposition universelle de Vienne, il demande au comte Grunne de s'infiltrer pour découvrir qui a fomenté cette rébellion. L'aventure continue pour Sissi, la plus célèbre des princesses, qui défie les usages de la cour impériale avec son caractère passionné et indépendant.

Le 22 novembre 1963, John F Kennedy est assassiné à Dallas. Trois ans plus tard, Jim Garrisson, procureur de la Nouvelle-Orléans, se penche sur l'enquête. Il décide d'éclaircir les nombreuses questions suscitées par ce meurtre, au péril de sa vie familiale et de sa carrière.