Akino est l'apprentie concierge d'un grand magasin vraiment spécial : les clients y sont tous des animaux. Qu'ils soient petits ou grands, à poils ou à plumes, Akino travaille dur pour satisfaire toutes leurs demandes... même les plus surprenantes.

Il s'est sacrifié pour sauver le monde et protéger ceux qu'il aimait. An 2 de l'ère Kôwa. Aujourd'hui, le monde est unifié autour de la Fédération des Nations Unies et connaît des jours de paix comme jamais auparavant, du moins en apparence... La conseillère Nunnally vi Britannia est en visite diplomatique dans un camp de réfugiés avec Suzaku Kururugi, devenu conseiller en chef des Chevaliers Noirs sous les traits de l'homme masqué Zero. C'est alors que de mystérieux Knightmare Frames attaquent le camp et kidnappent les deux représentants. Le terrible royaume de Zilkhstan serait-il à l'origine de cette crise ? Pour investiguer, les autorités dépêchent une équipe dirigée par Kallen sur les lieux. Ils feront là-bas la rencontre d'un visage familier...

Kumiko, paraplégique depuis l'enfance, vit avec sa grand-mère, qui la sur-protège du monde extérieur. Elle sort peu et s'est créée son propre univers, aidée par la lecture, sa fascination pour la mer et son imagination débordante. Elle demande qu'on l'appelle Josée, du nom d'une jeune héroïne d'un roman de Sagan. Tsuneo, brillant étudiant en biologie marine, aimerait poursuivre ses études au Mexique où il pourrait vivre son rêve, plonger dans les eaux tropicales. Pour cela il lui faut de l'argent et il cherche donc des petits boulots. Un soir, il tombe littéralement sur Josée et la sauve d'une horrible chute. Suite à cette rencontre accidentelle, la grand-mère de Josée engage Tsuneo comme aide-soignant. Josée se révèle autoritaire et têtue, mais Tsunéo est d'une grande patience. Ils apprennent à se connaître et même à s'apprécier. Un jour, il emmène Josée à la mer...

Roma est un jeune garçon qui vit à la campagne. Avec son ami d'enfance Toto ils se font appeler les « DonGlees » et ils organisent un petit spectacle de feu d'artifice tous les étés. A l'issue de sa première année de lycée, Toto revient de Tokyo où il étudie. Un nouveau venu, Drop, se joint aux DonGlees pour filmer avec son drone le spectacle vu du ciel. Mais cette fois-ci, rien ne va, les feux d'artifices ne fonctionnent pas et le drone est emporté par le vent. Au même moment, un feu de forêt se déclenche pour une cause indéterminée. La toile s'affole et blâme les DonGlees. Roma, Toto et Drop partent à la recherche du drone pour prouver leur innocence.

Dans un monde divisé entre l'intérieur et l'extérieur, ceux qui vivent dans les deux royaumes ont pour consigne de ne jamais passer de l'autre côté, sous peine d'être maudits. Une jeune fille nommée Shiva vit de l'autre côté, dans un village abandonné, avec un gardien démoniaque connu uniquement sous le nom de Professeur. Bien qu'il leur soit interdit de se toucher, elles semblent partager un lien qui transcende leurs apparences disparates. Mais lorsque Shiva quitte la garde du Professeur pour partir à la recherche de sa grand-mère, le secret de son mystérieux mode de vie apparaît au grand jour...