A la fin de la saison 2 de My Hero Academia, Tomura Shigaraki a déterminé quelle serait sa prochaine cible : All Might, le Symbole de la Paix. Les super-vilains de tous horizons se rallient maintenant à sa cause. C'est dans ce contexte que l'Académie Yuei doit préparer ses futurs héros. Le camp d'été des secondes promet d'être costaud ! Le but : renforcer les Alters de chacun auprès d'une équipe de choc, spécialisée dans les sauvetages en montagne. Les Pussycats n'épargneront rien à Izuku Midoriya et ses amis pour les faire progresser au plus vite. Mais l'Académie Yuei se rend-elle vraiment compte des dangers qui guettent ses élèves ? Saura-t-elle les protéger des vilains qui rôdent dans l'ombre de ruelles obscures ? La réponse dans cette saison 3 de My Hero Academia !

Le monde des vilains vacille et menace de basculer dans une guerre totale maintenant qu'All Might est parti. Shigaraki, à la tête de l'Alliance des Super-vilains se prépare à affronter Overhaul, chef yakuza, pour prendre le contrôle total des ténèbres. Pendant ce temps-là, Deku est à nouveau empêtré dans un stage dangereux et se démène pour rester au niveau de Mirio, en terminale à Yuei.

La classe 1-A visite l'île de Nabu où ils peuvent enfin faire un vrai travail de héros. L'endroit est si paisible que cela ressemble plus à des vacances. jusqu'à ce qu'ils soient attaqués par un super-vilain avec un alter insondable ! Son pouvoir est étrangement familier, et il semble que Shigaraki ait joué un rôle dans son plan. Mais avec All Might à la retraite et la vie des citoyens en jeu, il n'y a pas de temps pour les questions. Deku et ses amis sont la prochaine génération de héros, et ils sont le seul espoir de l'île.

La cité de Venise est la cible d'attaques régulières de la part d'une bande de pirates, sous l'impuissance des doges. Le fils de l'un d'eux, Manrico, lors du bal en l'honneur de ses fiançailles avec Isabella, subit une nouvelle attaque. Le soir même, il réunit quelques amis et décide de passer à l'action afin de mettre un terme à ces prédations.

Dans l'arrière-pays australien après avoir été poursuivi sans relâche par un chauffard, un homme se réveille à l'hôpital dépourvu du moindre souvenir. Pour découvrir son identité il doit utiliser le peu d'indices dont il dispose pour éviter que son passé ne le rattrape. Une course contre la montre s'engage...