Partie à la poursuite d'une sphère cotonneuse ayant plongé Akiho dans un léger sommeil, Sakura revient avec une nouvelle carte entre les mains. Elle sent une force qu'elle ne parvient pas à identifier, émaner des Clear Cards... Un jour, elle se rend à la pâtisserie où travaille Tôya et tombe sur Yukito. Tous deux se retrouvent alors propulsés au cœur d'un étrange labyrinthe !

Ce dimanche, Sakura est bien décidée à pique-niquer avec Shaolan, cette fois-ci pour de bon ! Mais alors qu'elle s'attèle joyeusement à la préparation des petits plats, son arrière-grand-père lui propose de venir chez lui car il a un cadeau à lui remettre ! Heureusement, Shaolan est invité aussi. Là-bas, la maman de Sakura apparaît de nouveau devant elle… Les mystères s'enchaînent les uns après les autres !

Sakura a maintenant deux nouvelles cartes en sa possession et utilise leur magie pour en récupérer encore d'autres. Mais elle ignore toujours pourquoi ces phénomènes étranges se produisent de nouveau à Tomoeda, et elle se demande ce que sont devenues ses anciennes cartes. De son côté, Shaolan semble cacher quelque chose… S'il est inquiet pour Sakura, il semble en savoir plus qu'il ne veut bien l'avouer. De plus, il est régulièrement en contact avec Eriol, alors que ce dernier refuse obstinément de répondre aux messages de Sakura…

Pendant leur cours de dessin, Akiho fait apparaître les pages d'un livre géant, qui se transforme en fleur et enveloppe Sakura… C'est alors que Momo se présente devant elle, révélant sa véritable apparence. Puis, elle utilise le livre d'Akiho, “Alice au pays de l'horloge”, pour envoyer Sakura dans un monde mystérieux…

Pendant l'entraînement de son club de majorettes, Sakura aperçoit une étrange silhouette encapuchonnée dans la cour du collège ! Elle lui fait face à l'aide de ses cartes, mais l'individu disparaît dès que Shaolan arrive... Puis, celui-ci invite Sakura à lui raconter le contenu de son mystérieux rêve...

À force de faire des rêves de plus en plus mystérieux, Sakura commence à être troublée. Un jour, elle reçoit son amie Akiho pour s'entraîner avec elle à confectionner des petits plats. Car, tout comme Sakura, Akiho aime par-dessus tout prendre soin de ceux qu'elle aime. Mais alors qu'elles visitent la bibliothèque de Fujitaka, là où tout a commencé, elles se retrouvent confrontées à un puissant magicien ! Les aiguilles du destin se sont mises à tourner, l'histoire progresse désormais vers l'ultime vérité !

Sakura et ses amis ont troqué leur uniforme hivernal contre celui d'été, plus léger. Un jour, en plein cours, une paire de ciseaux géante découpe le rideau de la salle de classe ! Sakura commence à comprendre que l'apparition des cartes aurait un rapport avec sa propre volonté et se demande quel secret se cache derrière ces Clear Cards. Shaolan lui révèle alors la vérité… De son côté, Yukito accueille une invitée en provenance d'Angleterre !

Akiho, la petite nouvelle du collège Tomoeda, est très vite devenue l'amie de Sakura et de toute la bande. Sakura en est ravie et ne cesse de relever leurs points communs. Tout irait pour le mieux s'il n'y avait pas ces rêves inquiétants, où elle voit une mystérieuse silhouette qui semble vouloir sa clef. Qu'est-ce que cela peut bien vouloir dire ? Pour le moment, Sakura se contente de capturer les unes après les autres les nouvelles cartes qui se présentent à elle. Un dimanche, Akiho l'invite chez elle pour visiter sa bibliothèque. À sa grande surprise, Sakura découvre qu'elle habite dans l'ancienne maison d'Eriol.

Au mois d'avril, alors que les cerisiers sont en pleine  oraison, Sakura entame son année de cinquième. Elle est folle de joie de retrouver son cher Shaolan, revenu au Japon, qui fréquente le même collège qu'elle. Mais une nuit, elle fait un rêve étrange… À son réveil, toutes ses cartes sont devenues transparentes ! C'est le début d'une histoire inédite, celle des mystérieuses Clear Cards !