Le monde des vilains vacille et menace de basculer dans une guerre totale maintenant qu'All Might est parti. Shigaraki, à la tête de l'Alliance des Super-vilains se prépare à affronter Overhaul, chef yakuza, pour prendre le contrôle total des ténèbres. Pendant ce temps-là, Deku est à nouveau empêtré dans un stage dangereux et se démène pour rester au niveau de Mirio, en terminale à Yuei.

La classe 1-A visite l'île de Nabu où ils peuvent enfin faire un vrai travail de héros. L'endroit est si paisible que cela ressemble plus à des vacances. jusqu'à ce qu'ils soient attaqués par un super-vilain avec un alter insondable ! Son pouvoir est étrangement familier, et il semble que Shigaraki ait joué un rôle dans son plan. Mais avec All Might à la retraite et la vie des citoyens en jeu, il n'y a pas de temps pour les questions. Deku et ses amis sont la prochaine génération de héros, et ils sont le seul espoir de l'île.

Kumiko, paraplégique depuis l'enfance, vit avec sa grand-mère, qui la sur-protège du monde extérieur. Elle sort peu et s'est créée son propre univers, aidée par la lecture, sa fascination pour la mer et son imagination débordante. Elle demande qu'on l'appelle Josée, du nom d'une jeune héroïne d'un roman de Sagan. Tsuneo, brillant étudiant en biologie marine, aimerait poursuivre ses études au Mexique où il pourrait vivre son rêve, plonger dans les eaux tropicales. Pour cela il lui faut de l'argent et il cherche donc des petits boulots. Un soir, il tombe littéralement sur Josée et la sauve d'une horrible chute. Suite à cette rencontre accidentelle, la grand-mère de Josée engage Tsuneo comme aide-soignant. Josée se révèle autoritaire et têtue, mais Tsunéo est d'une grande patience. Ils apprennent à se connaître et même à s'apprécier. Un jour, il emmène Josée à la mer...

A la fin de la saison 2 de My Hero Academia, Tomura Shigaraki a déterminé quelle serait sa prochaine cible : All Might, le Symbole de la Paix. Les super-vilains de tous horizons se rallient maintenant à sa cause. C'est dans ce contexte que l'Académie Yuei doit préparer ses futurs héros. Le camp d'été des secondes promet d'être costaud ! Le but : renforcer les Alters de chacun auprès d'une équipe de choc, spécialisée dans les sauvetages en montagne. Les Pussycats n'épargneront rien à Izuku Midoriya et ses amis pour les faire progresser au plus vite. Mais l'Académie Yuei se rend-elle vraiment compte des dangers qui guettent ses élèves ? Saura-t-elle les protéger des vilains qui rôdent dans l'ombre de ruelles obscures ? La réponse dans cette saison 3 de My Hero Academia !