Dix ans après les événements surréalistes survenus lors de sa visite au Jurassic Park, le paléontologue Alan Grant se voit offrir une forte somme d'argent (bienvenue pour financer ses propres recherches) pour simplement survoler l'île en compagnie de Paul Kirby et sa femme Amanda, un couple richissime. Mais Grant flaire une entourloupe lorsque le pilote amorce sa descente sur l'île...

Rescapés du naufrage de leur navire, une poignée de marins débarquent sur une île du Pacifique. Ils y découvrent les expériences menées par le Docteur Moreau sur des êtres humains.