Eugene Korekishi fait son entrée au lycée de Kamakura, une ville du Japon réputée pour ses phénomènes paranormaux. Petit génie des sciences, lui ne croit pas à ces légendes. Jusqu'à ce qu'il soit attaqué par un spectre le lendemain de la rentrée. Il est sauvé de justesse par deux camarades, Mogari et Kaoru. Les trois adolescents décident de fonder un club de chasseurs de fantômes.